Начнём с Half-Life 1....
Что конкретно известно нам из сюжета первой части HL? Физик-теоретик Гордон Фримэн родом из Америки, штат Вашингтон попадает в секретную лабораторию "Блэк Меза" для исследования телепортационных технологий. Помог устроиться на работу Гордону его друг Айзек Кляйнер, наниматель Гордона неизвестен. Гордон занимался в Блэк Мезе конструированием телепортов, его коллегой был Элай Венс, вскоре был собран телепорт с которым хотели провести ряд экспериментов. Неизвестно откуда учённые взяли инородный кристал, должно быть с другой планеты, его и хотели исследовать посредством нового телепортационного устройства.

Эксперимент контролировал Фримэн, но как только он поставил кристал под энергетический луч всё пошло коту под хвост! Телепорт взорвался, а вместе с ним почти весь исследовательский комплекс, повсюду стали появляться порталы , а через них телепортироваться инопланетные захватчики! Выжил очень малый круг учёных, среди них и Гордон Фримэн. Оставалась только одна надежда на спасение, выйти на поверхность из комплекса, но это было под силу лиш Гордону, вскоре правительство выслало спец группировку быстрого реагирования, но не для того чтобы спасти выживших, а лишь для того чтобы их ликвидировать, а вместе с ними комплекс!
Гордон без труда пробивался через ряды спецназа, на пути героя часто появлялся мужчина с кейсом и исчезал за следующим поворотом. Гордон побывал на той самой планете, из которой вели порталы, планета Ксен. На Ксене гордон уничтожил главного кукловода захватчиков комплекса(Нигилант), но этим история не закончилась...
Мужчина с кейсом телепортировал Гордона и сказал ему что посоветовал его своим "предводителям", ещё сказал что у Гордона есть большой потенциал и поблагодарил за помощ в контролировании Ксена.

А теперь предположения
А теперь начнём строить загадки введу событий Half-Life 2, Half-Life 2 Ep1, Half-Life 2 Ep2.
Вы все скорее всего прошли второй эпизод и видели ролик где Джи-мэн(человек с кейсом) объяснил Гордону что именно он(джи-мэн) спас Алекс(дочь Элая) из Чёрной Мезы, и вы конечно же заметили что Джи-мэн в ролики находился в какойто лаборатории, в одном отрывке он сидел за столом, а заде него огромный экран на котором написано Блэк Меза. Из этого можно предположить что Джи-мэн работал в комплексе, а возможно он был нанимателем Гордона! Но какую должность занимал джи-мэн? Ведь администратором был Уолэс Брин! Можно предположить что джи-мэн был тайный представить какого - либо правительства, которое было обязанно следить за проектом, впрочем это лишь не на чём не основанное предположение. Главное то что именно Джи-мэн принёс иноземный кристал в Блэк Мезу, и он предупредил Элая о возможных неожиданных последствиях(всё это было во втором эпизоде). Значит ли это что Джи-мэн знал обо всём что случится? Он конечно мог знать с научной точки зрения что кристал откроет порталы, но как он тогда предугадал смерть Элая во втором эпизоде? Значит ли это что Джи-мэн не оычный человек, возможно он может контролировать обсалютно всё.

Half-Life 2. Что известно о сюжете
После убийства Нигиланта порталы продолжили открываться и не только в комплексе, а во всём мире. Началось вторжение, инопланетяне воспользовались аварией в Блэк мезе(или всё было подстроенно) и начали захват планеты. Наземные силы смогли сдерживать инопланетную армию лиш 7часов, при этом бывший администратор Чёрной Мезы Уолес Брин призывал земле к полной капитуляции, значит ли это что Брин замешен во всём этом или он просто решил подчинится иноземным силам мы пока не знаем. Инопланетяне приняли Брина на должность администратора Земли, ему стали подвастны полчища комбайнов! Вся земля контролировалась Брином, до этого дня...

Джи-мэн в конце первой части HL1 предложил сделку Фримэну, на которую герой ответил положительно. Гордон был помещён в стазис(длинный сон, без старения клеток тела), но через 20 лет(примерно) Джи-мэн выпустил Гордона для нового задания. Человек с кейсом был краток и опять говорил загадками, но одно стало ясно, Гордон должен положить конец злодеянием Брина.

Гордон находит старых и новых друзей и выполняет задание, освобождает Землю от комбайнов. Джи-мэн опять же наблюдает за перемещением Гордона, но стоит попробовать догнать его и он эффектно исчезает. Вполне вероятно что в его кейсе находится портативный телепорт. Очень интереный момент был в главе "Дорога 17", где мы могли наблюдать как Оддеса Каббедж(глава базы повстанцев) разговаривает с Джи-мэном, но разговор услышать нельзя. Вероятно джи-мэн говорит что-то о Гордоне, но что, я даже не могу предположить!
Гордон выполняет своё задание и не даёт Брину телепортироваться на планету Комбайнов. Верхний отсек цитадели взрывается....

Half-Life 2. Episode One. Что с Джи-мэном?
В начале первого эпизода мы могли наблюдать ролик, где джи-мэн пытается поместить Гордона в стазис, но ему мешают вертигонты. Тут всё более менее понятно, вертигонты хотят освободить Гордона от контроля джи-мэна. Скорее всего вертигонты знают что Джи-мэн управляет Гордоном далеко не для благих целей, а для своих собственных
Алекс и Грдон приостанавливают реакцию ядра и бегут из Сити17,Ж джи-мэн больше не наблюдает за нашими действиями. Герои покидают город и их сносит взрывная волна, город уничтожен...

Half-Life 2. Episode Two
Во втором эпизоде джи-мэну удаётся рассказать Гордону, что он(джи-мэн) спас Алекс из Чёрной Мезы и что Гордону
требуется доставить Алекс в Белую рощу(база Элая). Алекс джи-мэн просит чтобы она передала Элаю "Жди неожиданных последствий" Попав в Белую рощу Алекс сама нехотя передаёт это отцу, значит ли это что Джи-мэн способен контролировать любое действие человека?? Скорее всего да.

Элай говорит Гордону, что именно джи-мэн принёс иноземный кристал в Чёрную Мезу, и что именно джи-мэн предупредил его о неожиданных последствиях! Ещё Элай говорит чтобы Гордон обязательно уничтожил Бореализ, что Бореализ очень опасен, в конце игры Элай погибает...
О Бореализе: На Бореализе находится секретная разработка Aperture Science - виртуальный разум. За ним охотятся инопланетные силы, от того кто первый доберётся до этой технологии (гордон или Алекс) зависит победа!